Genetik danışmanlığın en önemli kriteri, hastalığın doğru ve kesin tanısının konulmasıdır. Genetik bilgiyi içeren DNA’nın, bir organizmanın RNA ve protein gibi işlev yapan elemanlarını üreten birimine gen denir. Her gen, hücrelerdeki kromozom adı verilen yapılarda paketlenerek depolanmıştır. Sağlıklı bir bireyde, 44 adet otozomal kromozom (üreme ile ilgili olmayan, vücut hücreleri kromozomu) ve 2 adet cinsiyet kromozomu (X ve Y) bulunmaktadır. Kromozomlarda bulunan her bir genin, allel adı verilen iki kopyası bulunmaktadır. Bu gen kopyalarından biri anneden, diğeri ise babadan gelmektedir. Bu tür değişimler ile genler etkilerini canlının dış görünüşüne (fenotip) yansıtır. Bu gen çiftlerinden en az birinde bir değişim (mutasyon) olması durumunda kalıtsal bir genetik hastalık veya bozukluk gelişebilir. Danışan bireyin aile öyküsünde bu tarz değişimlerden kaynaklı bir genetik hastalığın veya bozukluğun, taşıyıcılık veya ortaya çıkmış olma durumu varsa hastalığın kalıtım risk analizi yapılmalıdır. Kalıtım risk analizi, kalıtım modellerine göre yapılmaktadır: tek gen, kromozomal ve multifaktöriyel (kompleks) kalıtım.
Bir genin allellerindeki değişimlerden dolayı ortaya çıkan genetik bozukların kalıtımıdır. Tek gen hastalıklarının kalıtımı, iki ana unsura bağlıdır: genin, üzerinde bulunduğu kromozomal bölge ve fenotipe etki etme şekilleri. Kromozomal bölgeye göre kalıtım, eğer bir genin kopyası bir otozom üzerinde ise otozomal, eğer X kromozomu üzerinde ise X’e bağlı kalıtım olarak adlandırılır. Eğer bir genin tek bir kopyasındaki değişim (bir mutant allel ve bir normal allel çifti) bile, hastalık fenotipinin ortaya çıkmasına neden oluyorsa, bu değişim dominant (baskın) olarak isimlendirilir. Eğer bir hastalık fenotipinin ortaya çıkması için bir genin iki allelinin de değişmiş olması gerekiyorsa, bu değişim resesif (çekinik) olarak isimlendirilir. Bunlara göre tek gen hastalıkları, temel olarak otozomal dominant, otozomal resesif, X’e bağlı dominant ve X’e bağlı resesif şeklinde kalıtılır. Eğer kişi, aynı çift allele sahipse homozigot, farklı allellere sahipse heterozigot olarak isimlendirilir. Bu doğrultuda, resesif bir hastalığın mutant alleli, homozigot bireyde hastalık fenotipini oluştururken, heterozigot bireyde taşıyıcılığa neden olur.
Otozomal bir hastalık açısından heterozigot taşıyıcı iki bireyin evlenmesi durumunda çiftin her gebeliğinde hastalığın tekrarlama riski %25’tir. Dominant bir hastalığın mutant alleli, kalıtılması durumunda hem homozigot hem de heterozigot bireylerde hastalık fenotipine yol açar. Bu tip hastalıkların hasta bireyin çocuklarında tekrarlanma riski ise %50’dir.
Hastalığa neden olan değişimlerin genlerde değil; döllenme sırasında kalıtılan kromozomların sayı ve yapısındaki değişimlerden dolayı ortaya çıkan genetik bozukluklardır. Fazla veya eksik sayıda kromozomun kalıtımı ile kromozom parçalarındaki değişimler sonucu meydana gelir. Örneğin, Down Sendromu, 21 numaralı kromozomun iki yerine üç kopya olarak kalıtılması ile meydana gelir.
Normal kalıtım kurallarına uymayan ve insanlarda en sık görülen hastalıkların kalıtımıdır. Bu hastalıklarda, hastalığa neden olan mekanizma tam olarak bilinmemektedir. Hastalıklar, çoğunlukla genetik bilgide sorun olmamasına rağmen küçük genetik değişimlerin ve çevresel faktörlerin birleşimi sonucunda ortaya çıkar. Yaygın görülen doğuştan bozukluklar (yarık damak dudak, nöral tüp defekti, vb.) ve yetişkin hastalıklarının birçoğu (astım, koroner arter hastalığı, diyabet, vb.) bu şekilde kalıtılır.